Naast opleiding is de FPTR de afgelopen tien jaar steeds meer ook kenniscentrum geworden. Rond een aantal centrale, actuele thema’s doen we onderzoek. Rond die thema’s zijn onderzoeksgroepen actief. Wij hebben drie centra voor onderzoek en kennisuitwisseling. 

1. Centrum voor Protestants erfgoed. Dit centrum is opgericht om het vele dat het protestantisme heeft bijgedragen aan de Belgische samenleving – van overtuiging tot gebouwen – te bewaren en toegankelijk te maken voor de samenleving. 
2. In oprichting is het Centrum voor Spiritualiteit, Ethiek en Leiderschap. Met dit centrum richten wij ons op een nieuwe doelgroep: de vele bedrijven en instellingen die met hun medewerkers de vraag willen bespreken naar de zin van hun werk, de ethisch consequenties ervan en de conclusies voor leidinggevenden.
3. Ook hebben we een centrum voor religiestudies: EUCRES. Dit centrum bouwt een netwerk op van religiewetenschappers en ondersteunt onderzoek en onderwijs rondom nieuwe inzichten in de religiestudies.