De eerste taak wordt door een Raad van Bestuur volbracht. Deze staat in nauw contact met een Commissie van Advies die is samengesteld uit vertegenwoordigers van de stakeholders. De academische leiding wordt opgenomen door het decanaat, bijgestaan door de acade-mische raad.

De administratieve en publicitaire taken worden waargenomen door de studiecoördinator en het secretariaatspersoneel.

De docenten aan de FPTR zijn georganiseerd volgens de vier voornaamste vakgebieden, zijnde Bronnen (Bijbelwetenschap, oude talen en historische vakken), Praktische Theologie, Systematische Theologie en Nieuwe Richtingen.