Aan de FPTR zijn verschillende onderzoeksgroepen actief. Daarbij zijn hoogleraren en academische medewerkers, alsook de doctoraatsstudenten betrokken. Het onderzoek aan de FPTR wordt thematisch op het getouw gezet en focust op de actuele vraagstukken rond religie en levensbeschouwing. Het blikveld is daarbij specifiek gericht op de grootstedelijke en Europese context.

Jaarlijks worden interdisciplinaire webinars, colloquia, panelgesprekken en studiedagen georganiseerd. Deze initiatieven worden geïntegreerd in de interdisciplinaire Mastermodule. De FPTR streeft ernaar haar onderzoek te laten convergeren met de Master- en de  doctoraatsopleiding. Naast flexibiliteit en interdisciplinariteit voert de FPTR ook een open studiehouding en wetenschappelijke methodiek hoog in het vaandel. Zoals reeds aangegeven cirkelt het onderzoeken aan de FPTR rond actuele thema’s.