De bestuurlijke leiding van de Faculteit voor Protestantse Theologie en Religiestudies is tweevoudig: een zakelijk bestuur en een academische leiding. De eerste taak wordt door een Raad van Bestuur volbracht. Deze staat in nauw contact met een Commissie van Advies die is samengesteld uit vertegenwoordigers van de stakeholders. De academische leiding wordt opgenomen door het decanaat, bijgestaan door de academische raad.

De administratieve en publicitaire taken worden waargenomen door het secretariaatspersoneel.

De docenten aan de FPTR zijn georganiseerd volgens de drie voornaamste vakgebieden, zijnde Religiestudies, Bijbelwetenschap, Historische en Praktische Theologie.